Cơ cấu tổ chức UBND Phường Yên Dũng như sau:

1. Lãnh đạo UBND phường

2. Văn phòng HĐND-UBND 

3. Phòng Kinh tế, Hạ tầng, Đô thị 

4. Phòng Văn hóa- Xã hội

5. Trung tâm phục vụ hành chính công

6. Trung tâm dịch vụ sự nghiệp công

7. Quân sự phường

8.  Trưởng Công an